Η Μ. Φουντοπούλου γεννήθηκε στην Πάτρα. Ολοκλήρωσε τις εγκύκλιες σπουδές της στην Αθήνα. Από το 1985 έως το 1989 φοίτησε στην Κλασσική κατεύθυνση του Τμήματος Φιλολογίας του Πανεπιστημίου Αθηνών. Στη διετία 1989-1991 πραγματοποίησε μεταπτυχιακές σπουδές στο Institut d’ Etudes Europeennes του Πανεπιστημίου της Louvain-La-Neuve, από όπου έλαβε μεταπτυχιακό τίτλο σπουδών (Diplome d’ Etudes Europeennes). Το 1992, ως υπότροφος του Ιδρύματος Κρατικών Υποτροφιών, ανέλαβε την εκπόνηση διδακτορικής διατριβής στο Τμήμα Φιλοσοφίας, Παιδαγωγικής, Ψυχολογίας του Πανεπιστημίου Αθηνών με θέμα: «Η διδασκαλία του μαθήματος των Αρχαίων Ελληνικών στην Ελλάδα, Γαλλία, Ισπανία. Συγκριτική θεώρηση». Ολοκλήρωσε τη διδακτορική διατριβή το 1995 και αναγορεύτηκε Διδάκτωρ του Τμήματος με βαθμό «Άριστα».

Υπηρετεί στο Πανεπιστήμιο Αθηνών από το 1999 μέχρι και σήμερα, που είναι Καθηγήτρια στο Τμήμα Φιλοσοφίας, Παιδαγωγικής και Ψυχολογίας της Φιλοσοφικής Σχολής. Το γνωστικό αντικείμενό της είναι: «Μεθοδολογία της διδασκαλίας της αρχαίας ελληνικής γραμματείας. Θεωρία και Πράξη» και αυτό θεραπεύει στο διδακτικό, ερευνητικό και συγγραφικό έργο της.

Έχει επιδείξει αυξημένο και ιδιαίτερο ενδιαφέρον για τη συμμετοχή στα κοινά του ΕΚΠΑ αναλαμβάνοντας διάφορες διοικητικές θέσεις κατά τη διάρκεια των είκοσι ετών υπηρεσίας της, όπως μέλος των Δ.Σ. της Πανεπιστημιακής Λέσχης, του Διδασκαλείου Ξένων Γλωσσών, του Ταμείου Αρωγής Φοιτητών, των Φοιτητικών Εστιών και μέλος της Επιτροπής Κληροδοτημάτων, της ΜΟΔΙΠ, της ΟΜΕΑ του ΦΠΨ, της Επιτροπής Προγράμματος Σπουδών του ΦΠΨ κ.ά.

Από τον Σεπτέμβριο του 2013 έως τον Αύγουστο του 2019 ήταν Πρόεδρος του Τμήματος ΦΠΨ του ΕΚΠΑ και από τον Σεπτέμβριο του 2014 έως τον Φεβρουάριο του 2020 Διευθύντρια του Μουσείου Παιδείας του ΕΚΠΑ.

Ενδεικτικές δραστηριότητές της, μεταξύ άλλων, είναι η επιστημονική ευθύνη του λογισμικού για τα Ομηρικά Έπη της Α΄ και της Β΄ Γυμνασίου, το οποίο χρησιμοποιείται στο Γυμνάσιο για τη διδασκαλία των Ομηρικών Επών και έχει λάβει πανευρωπαϊκή διάκριση, ο πανελλαδικός συντονισμός και η επιστημονική εποπτεία του προγράμματος της Μείζονος Επιμόρφωσης για την ειδικότητα των φιλολόγων, η θητεία της ως Αναπληρώτριας Προέδρου του Συμβουλίου Επιλογής Σχολικών Συμβούλων Β΄/βάθμιας Εκπαίδευσης, η επιστημονική ευθύνη ως Προέδρου ΕΠΕΣ του Βαρβακείου Λυκείου κ.ά.

Από τον Φεβρουάριο του 2020 έως σήμερα βρίσκεται σε αναστολή από τα διοικητικά της καθήκοντα στο ΕΚΠΑ και έχει αναλάβει τη θέση Β' Αντιπροέδρου στον ΔΟΑΤΑΠ, υπεύθυνης για το επιστημονικό πεδίο των Ανθρωπιστικών και Κοινωνικών Επιστημών.

Είναι μητέρα δύο παιδιών, του 17χρονου Άγγελου και της 14χρονης Αθηνάς.